Alexandre de Brevern - Thèse de Bioinformatique Moléculaire

Conclusion

Dans un premier temps, nous avons vu que la MPH permet l'obtention d'une protéine hybride qui approxime correctement un des fragments protéiques. A chaque site, un nombre important de structures similaires sont présentes. Ainsi, cette méthode permet de réduire la taille d'une base de données structurales protéiques et donc est utile dans une approche de type enfilage. Certaines améliorations sont possibles. Concernant les rares sites ayant un RMSd plus important que la moyenne, le rôle de la taille L des séries de blocs étant prépondérant, sa diminution pourrait améliorer la reconnaissance d'homologie structurale. Une autre optique possible est l'utilisation de fragments de tailles variables, comme l'ont fait Bystrofff et Baker[19], mais l'utilisation finale de la protéine hybride serait plus complexe. L'intérêt principal de cette méthode est le maintien de la continuité entre les fragments protéiques et permet d'observer des structures continues avec des compositions en acides aminés intéressant. L'exemple des deux cytochromes P450 montre un exemple d'application à la modélisation locale par homologie. Cette approche de la protéine hybride peut donc être fort utile dans une méthode de prédiction ou de modélisation moléculaire. De plus, la recherche de zones structuralement homologues est particulièrement simple et rapide car elle ne nécessite pas de méthode d'optimisation pour rechercher les homologies, le codage en blocs protéiques et le positionnement dans la protéine hybride suffisent.