Alexandre de Brevern - Bioinformatique Moléculaire

   
Bases de données

La base de données utilisée est capitale pour la validité de l'expérimentation. Donc en résumé de cette recherche voici les sites d'intêrét pour des bases de données non redondantes :

• La PDB select de Hobohm est la plus ancienne encore disponible http://swift.embl-heidelberg.de/pdbsel/ . Elle ne fournit plus que deux fichiers, l'un pour des séquences ayant moins de 25 % d'identités de séquences et un autre à 90 % [84,83].
• La culled PDB est maintenue par le groupe de dunbrack http://www.fccc.edu/research/labs/dunbrack/culledpdb.html . Elle est beaucoup plus compléte et fournit des fichiers pour des valeurs d'identités de séquences assez nombreuses, des valeurs de résolutions différentes et de méthodes aussi.
• ASTRAL est une extension de SCOP http://astral.stanford.edu/ . Elle permet de récupérer pour une valeur maximale d'identités de séquences les protéines pris aux différents niveaux de SCOP.
• PAPIA est encore plus intéressant http://150.82.196.184/papia-cgi/reprdb_query.pl . Ce site permet de sélectionner des protéines suivant de nombreux citéres (résolution, mode d'obtention, atomes manquants, mutants, ...). Puis ensuite, on ne récupére que les protéines ayant moisn d'un taux donnés d'identités de séquences et en plus un RMSD maximal autorisé.
• ici quelques exemples de base non redondantes issues de ces sites.