Alexandre de Brevern - Thèse de Bioinformatique Moléculaire

Les boucles

Quelques faits classiques, caractérisant les coudes, peuvent être notés. 50 % des coudes de type I de la PDB sont représentés par un bloc k et toujours à proximité de blocs de type m, ce qui se retrouve dans la partie inférieure gauche du graphe par les successions fklm (nuds 08-09-10-01) ou mklm (nuds 01-29-30-01). De même 80 % des coudes de type II se termine par ia, et plus de 50 % sont présents dans le réseau dans la succession ehia (nuds 15-16-17-18). Le coude de type III est comme le coude de type I toujours à proximité du bloc m, ainsi 80 % de ces structures sont caractérisées par la succession lm (nuds 10-01/29-01) et plus de 60 % par klm (nuds 09-10-01/29-30-01). Le graphe permet donc de retouver ces coudes classiques, mais sans se limiter à une définition trop stricte.