Alexandre de Brevern - Thèse de Bioinformatique Moléculaire

Exemples

La figure 6.4 montre pour trois sites d'intérêt la superposition de fragments de longueur 10 Cappartenant à chaque site et les matrices d'occurrence associées; ces matrices ont été normalisées en Z-scores. Ces sites sont dans l'ordre:

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le site 7 qui correspond aux structures locales [3:12], il a un RMSd moyen de 0,3 Å associé à une entropie de 0,43 (cf. figure 6.4a).

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le site 73 [69:78] qui a une entropie de 0,72 et un RMSd moyen de 3,3 Å (cf. figure 6.4b).

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le site 56 [52:61], entropie de 1,39 et un RMSd moyen de 6,21 Å (cf. figure 6.4c).

Ces trois sites correspondent aux trois principales catégories de sites. Les figures 6.4d à 6.4f montrent les matrices d'occurrences associées normalisées en Z-scores. Le premier site (figures 6.4a et 6.4d) représente une partie centrale d'hélice avec des sur-représentations en Alanine et des résidus non-polaires. La présence des résidus chargés tels la Lysine, l'Arginine et l'Acide Glutamique en positions 7 et 8 est classiquement associée avec la présence de l'extrémité C-terminale [154], et celles de Glycine et d'Asparagine en position 10 avec un élément de rupture structural. Le second site (figures 6.4b et6.4e) est quant à lui associé avec la présence d'acides aminés aliphatiques caractéristiques des feuillets . L'extrémité C-terminale des feuillets est vue avec des sous-représentations de résidus polaires en position 4 et en Isoleucine et Valine aux sites 5 à 9. Le dernier motif (figures 6.4c et6.4f) est moins déterminé, toutefois le repliement des structures locales est globalement similaire. En parallèle du manque de spécificité structurale, la composition en acides aminés est moins informative que précédemment. Seule la position 8 est hautement spécifique avec une sur-représentation de Glycine et d'Asparagine et une sous-représentation de 17 autres acides aminés.