Alexandre de Brevern - Thèse de Bioinformatique Moléculaire

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Méthode d'analyse

Pour quantifier l'importance de chaque type d'acides aminés en chaque position, les occurrences des acides aminés ont été calculées, en comptant pour chaque position s chaque série de L blocs protéiques. Elles sont ensuite normalisées en Z-scores :

\begin{displaymath}Z_j^i = \frac{\left(n^i_{j}-n^i_{a}\right)}{\sqrt{n^i_{a}}} \end{displaymath}

où nij est le nombre observé de résidus a en position j et nia son nombre attendu. Ce dernier est le produit :

\begin{displaymath}n^i_{a} = \emph{N}_i.\textbf{q}_a \end{displaymath}

avec Ni et qarespectivement le nombre d'observations à cette position et la fréquence du résidu a dans la base de données. Ainsi, les Z-scores positifs (inversement négatifs) correspondent à des sur-représentations (inversement sous-représentations) de ce résidu en cette position (cf. paragraphe 3.3.5.2).


  
Figure 6.4: Les sites caractéristiques en positions 7, 73 et 56, avec (a-c) les superpositions des fragments associés aux sites, visualisés par XmMol [194] et (d-e) les matrices d'occurrences associées à ces sites, normalisées en Z-scores (noir : Z-scores < 4,4, gris: Z-scores > -4,4 et blanc: Z-scores intermédiaires). Les acides aminés sont classés de bas en haut comme suit: I, V, L, M, A, F, Y, W, C, P, G, H, S, T, N, Q, D, E, R, K.
\begin{figure} \centerline{\epsfxsize=8cm \rotatebox{0}{\epsfbox{Images/Chapitre_4_HPM/TCA/figure_4b.ps}}} \end{figure}


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