Alexandre de Brevern - Thèse de Bioinformatique Moléculaire

   
Z-scores

Pour évaluer localement l'influence de chaque type d'acide aminé, l'utilisation de la méthode des Z-scores est fort pertinente. Elle permet de mettre en évidence les sous- et sur-représentations. Ainsi, chaque matrice d'occurrence associée à chaque bloc a été normalisée comme suit :

avec n_ib le nombre attendu du ième acide aminé (n_ib = N_k.f_i où N_k et f_i sont respectivement le nombre de PB_ket la fréquence observée de l'acide aminé i dans la base de données). Les Z-scores positifs (ou négatifs) correspondent, pour le bloc protéique k, à des sur-représentations d'acides aminés (ou sous-représentations). La valeur seuil a été prise égale à 4,4 ce qui représente une probabilité p inférieure à 10^-5.