Blocs Protéiques

Les cytochromes P450 ont été bien décrits. Ils ont une identité de séquence allant de 10 à 30%. Haseman et collaborateurs [80] les ont caractérisés en termes de fragments communs de structures secondaires (hélices $\alpha$ , 3₁₀-helix, $\pi$ -helix, feuillet $\beta$ et $\beta$ -bugle). Jean et collaborateurs [94] ont déterminé des blocs structuraux communs (Common Structural blocs ou CSBs) entre differents cytochromes P450. Ils ont utilisés des comparaisons deux à deux pour ainsi aboutir à la modélisation d'un nouveau cytochrome P450. Nous avons utilisé deux cytochromes P450: P450_BM3 (code PDB: 2hpd[151]) et P450_terp (code PDB: 1cpt[81]).

**Figure 6.9:** Recodage (a) du cytochromes P450_BM3 et (b) du cytochromes P450_terp sur la protéine hybride. Avec en abcisse les positions des résidus des cytochromes et en ordonnée de la protéine hybride.
$\begin{figure} \centerline{\epsfxsize=13cm \rotatebox{270}{\epsfbox{Images/Chapitre_4_HPM/TCA/figure_6tca.ps}}} \end{figure}$

Figure 6.10: Dotplot entre les positions recodées sur la protéine hybride entre P450_BM3 (en abcisse) et P450_terp (en ordonnée) (cf. figure 6.9) avec un filtre (a) de taille 4, (b), de taille 6 et (c) de taille 15.

$\rotatebox{270}{\includegraphics[width=6cm]{Images/Chapitre_4_HPM/TCA/dot_window_4.ps}}$

$\rotatebox{270}{\includegraphics[width=6cm]{Images/Chapitre_4_HPM/TCA/dot_window_6.ps}}$

$\rotatebox{270}{\includegraphics[width=6cm]{Images/Chapitre_4_HPM/TCA/dot_window_15.ps}}$

**Figure 6.11:** Les 11 structures communes trouvées entre les cytochromes P450_BM3 etP450_terp.
$\begin{figure} \centerline{\epsfxsize=16cm \rotatebox{0}{\epsfbox{Images/Chapitre_4_HPM/TCA/figure_6.ps}}} \end{figure}$

$\begin{sidewaystable}% latex2html id marker 3294 \par\begin{tabular}{c c c c c c... ...omes et \\lq a une distance importante (plus de 50 r\'esidus).} \end{sidewaystable}$

Dans un premier temps, les deux structures ont été codées en termes de blocs protéiques. Ensuite, utilisant des successions de 10 blocs, chaque protéine a été codée à partir de la protéine hybride en utilisant la même métrique que précédemment. La figure 6.9 donne les positions des deux protéines sur la protéine hybride. Les positions sont le plus souvent continguës, effet de l'apprentissage de la protéine hybride. Un dotplot est ensuite calculé entre les deux protéines recodées par la protéine hybride. Les figures 6.10a à 6.10c montrent les dotplots obtenus pour des longueurs de fenêtres de filtrage G égal à 4, 6 et 15. Le tableau 6.2 récapitule les 11 couples de structures locales notées en chiffres romains avec leurs positions dans les deux cytochromes, leurs longueurs, leurs RMSds respectifs, et, les correspondances de ces fragments par rapport aux travaux précédents de Haseman et collaborateurs [80] et de Jean et collaborateurs [94]. La figure 6.11 montre la superposition de ces 11 structures locales.

Homologie structurale pour deux cytochromes P450