Alexandre de Brevern - Thèse de Bioinformatique Moléculaire

Objectif

Les protéines se replient suivant un nombre limité de conformations [70], toutefois la complexité et le nombre important de paramètres physico-chimiques, cinétiques, dynamiques et stèriques rentrant en jeu rendent la prédiction de la structure tridimensionnelle d'une protéine difficile. L'augmentation des bases de données génomiques rend la compréhension de ce problème encore plus crucial aujourd'hui.

Dans le second chapitre, nous avons utilisé une base de données structurales pour définir un alphabet structural, puis nous avons mis en relation les séquences et les blocs protéiques pour établir une stratégie de prédiction. Nous sommes donc passés de la structure à la séquence pour repasser à la prédiction soit en résumé:

Avec la protéine hybride construit à partir des blocs protéiques (cf. paragraphe 6.3) nous avons caractérisé la "dépendance floue" entre la séquence et la structure locale du squelette protéique, mais d'abord en apprenant sur la structure et en déduisant ensuite les caractéristiques en termes de composition en acides amimés.

L'objectif de cette présente étude est d'analyser les dépendances entre l'information structurale et l'information séquentielle, cette dernière étant moins conservée au cours de l'évolution.