Alexandre de Brevern - Thèse de Bioinformatique Moléculaire


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Principe

La protéine hybride présentée dans cette partie vise à apprendre à la fois la séquence et la structure des protéines, et donc permet d’'étudier la répartition de l'information structure + séquence. Les données sur la séquence ont été recodées en fonction de critères physico-chimiques (volume, charge, hydrophobicité) et les données structurales avec l'aide des angles dièdres $\phi $ et $\psi $. L'analyse de la répartition le long de la protéine hybride en relation avec la nature du bloc structural permet d’affiner le rôle de certains acides aminés dans les structures secondaires et des régions flanquantes. L'étude aboutit ainsi à un concept de “ modèle flou ” entre la séquence et la structure, une séquence n'étant pas associée à un seul type locale de repliement, mais à plusieurs, et inversement un repliement local est catégorisé avec des séquences différentes [36].



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