Alexandre de Brevern - Thèse de Bioinformatique Moléculaire

b. Perspectives

  

Figure 7.1: Schéma récapitulatif des avancées dûes aux BPs et leur intégration dans un processus de modélisation moléculaire classique.

La figure 7.1 montre la logique des recherches effectuées et futures, en traits bleu foncé les travaux déjà réalisés, et, en bleu clair différentes voies possibles pour l'établissement d'un modéle protéique. Différentes évolutions sont possibles:

o

Un premier point concerne l'homologie structurale, quand les structures tridimensionnelles sont connues. Déjà, la méthode MPH a démontré ses possibilités. Il conviendrait, en plus, de l'information structurale, de prendre en compte la séquence qui, quoique moins conservée dans l'évolution, posséde une information d'intérêt.

o

Dans la même optique, l'utilisation des blocs protéiques pourrait servir, dans une étape de prétraitement, dans une technique d'enfilage. En effet, observer les compatibilités entre les résultats de la prédiction locale et des structures connues issues d'une base non redondante permet de diminuer le nombre de repliements à tester.

o

Un travail intéressant, touchant toujours à l'homologie structurale, est la classfication protéique. Ayant décrit un alphabet structural, la protéine hybride a bien montré la catégorisation de fragments protéiques en un nombre limité de classes. L'utilisation de ces observations devraient être pertinente pour reclasser les structures tridimensionnelles. Une analyse sur les familles obtenues serait bien entendu utile à la compréhension du repliement protéique.

o

Un autre point concerne la génomique structurale. Partant d'une séquence codante, nous désirons obtenir un modèle tridimensionnel final le plus proche de la réalité. Pour cela, nous avons développé un alphabet structural et une méthode de prédiction locale. Cette dernière peut être améliorée par des approches classiques qui prennent en compte les alignements de séquences ou les transistions existants entre les BPs. En effet, que ce soit par le réseau sur les mots ou l'approche de la protéine hybride avec les blocs protéiques, on a observé qu'une série de BPs est suivie par un nombre limité d'autres séries bien déterminées. Actuellement, une méthode de prédiction basée sur ce principe est en fin de réalisation et montre un intérêt certain.

L'ensemble de ces résultats permet la génération de différents modèles 3D qu'il faut travailler. L'usage de la librairie de recodage d'angles est ainsi un premier pas, les angles dièdres étant nettement mieux approximés. De nombreux autres informations devraient être introduits pour aboutir à ce modèle, comme l'accessibilité des résidus, les contacts les plus probables entre résidus, et, le positionnement des chaînes latérales. L'utilisation comme contrainte dans un processus ab initio d'une manière similaire aux travaux du groupe de Baker est aussi envisageable [178]. En effet, les contraintes à longues distances ne sont pas prises en compte actuellement.

L'ensemble des travaux effectués donnent des résultats concluants. A partir d'une séquence, il est possible de délimiter des zones hautement probables et ces zones sont décrits par un alphabet structural qui permet une approximation correcte des repliements. Toutefois, des améliorations restent à faire avant d'aboutir à un modèle final.