Alexandre de Brevern - Thèse de Bioinformatique Moléculaire

   
Modélisation ab initio

Enfin, une dernière technique est applicable, la modélisation ab initio. Elle consiste en une représentation schématique des protéines. Le plus souvent un résidu n'est représenté que par un atome, souvent le C, et, avec différents jeux de contraintes le système évolue pour explorer au maximum l'espace conformationnel [41]. Les pseudo-atomes sont déplacés suivant des mouvements tenant compte de processus aléatoires ce qui permet de dépasser certains minima locaux. Il peut y avoir des contraintes énergétiques liées à des contraintes de distances [88], des contraintes liées à la séquence à un niveau local par des méthodes statistiques [179,180,178], avec des prédictions de structures secondaires [137] ou encore en recherchant dans des bases de données [38]. Des techniques combinant plusieurs approches permettent d'avoir une idée plus précise du type de topologie de la protéine [171].

Toutefois, les résultats sont fortement liés à la taille de la protéine ainsi qu'au type de protéines [39,185,4,141].