Alexandre de Brevern - Thèse de Bioinformatique Moléculaire
Pour clore cette première partie sur l'alphabet structural, plusieurs points ont été vus. Tout d'abord sur la méthode utilisée qui tient compte d'un aspect statistique simple avec une prise en compte de l'aspect séquentiel des protéines.
Ayant testé un nombre important de série de blocs, la série de 16 blocs protéiques a été conservée. Elle montre une approximation particulièrement correcte de la structure tridimensionnelle des protéines. De plus, les blocs sont bien distincts entre eux et les fragments protéiques qui leurs sont associés ne sont proches réellement que d'un seul bloc. Ils permettent un recodage particulièrement efficace des structures 3D, avec plus de 50 % des angles approximés à moins de 10o. L'utilisation du RMSda comme critère de sélection a aussi démontré son efficacité. La comparaison avec les autres alphabets met en évidence la pertinence d'un choix de plus d'une dizaine de blocs.
En outre, la grande variété des BPs permet de mieux analyser la structure protéique que la structure secondaire et d'observer des distributions informatives en acides aminés. La quantification de cette information montre la spécificité de nombreux blocs, nous allons donc utiliser cette information dans le chapitre suivant avec une méthode de prédiction de la structure locale à partir de la séquence.
(c) 2001- Alexandre de Brevern