Alexandre de Brevern - Thèse de Bioinformatique Moléculaire

   
Apprentissage de la structure locale du squelette protéique

• Objectif
• Méthode d'apprentissage
  • Base de données
  • Description des protéines
  • Les fragments protéiques
  • L'apprentissage
    • Principe de l'apprentisage
    • Mesure de similitude
    • Initialisation
    • Apprentissage non supervisé
    • Apprentissage tenant compte des transitions
    • Procédure de réduction du nombre de blocs protéiques
• L'alphabet structural
  • Description des blocs protéiques
  • Stabilité structurale des 16 blocs protéiques
    • RMSda et RMSd
    • Différence structurale entre les blocs protéiques
    • Sensibilité de l'assignation par le RMSda
    • Exemple de recodage
    • Série de blocs : sensibilité structurale
    • Reproduction de la structure : amélioration par l'utilisation d'une librairie
  • Transitions entre les blocs protéiques
    • Relations avec les structures secondaires
  • Les acides aminés présents dans blocs protéiques
  • Analyse des matrices d'occurrences des blocs
    • La mesure de divergence asymétrique de Kullback-Leibler (KLd)
    • Z-scores
  • Relation entre blocs protéiques et séquences
    • Quatre Exemples
    • Utilisation des Z-scores pour déterminer les acides aminés sur- et sous-représentés dans chaque bloc
• Comparaison avec les autres alphabets structuraux
  • Comparaison avec les attributions de DSSP
  • Comparaison avec les blocs structuraux de Rooman et collaborateurs
  • Comparaison avec les super-structures secondaires de Fetrow et collaborateurs
  • Comparaison avec les blocs structuraux de Camproux et collaborateurs
• Conclusion