Alexandre de Brevern - Thèse de Bioinformatique Moléculaire
Une des difficultés majeures de l'évaluation de cet alphabet structural à 16 états est la comparaison avec les autres alphabets existants. En effet, il existe fort peu d'alphabets structuraux accessibles.
Aussi, ce paragraphe présente les différentes études que j'ai pu réalisé. Après une rapide étude avec les structures définies par DSSP, une première comparaison a été effectuée avec les blocs définis par Rooman et collaborateurs [162], que j'ai caractérisé en partant des figures de leur article. La deuxième comparaison a porté sur une base de données recodées par Fetrow et collaborateurs [53], avec leur 6 super-structures secondaires accessibles sur leur site. Et enfin, le dernier alphabet comparé est celui développé par Camproux et collaborateurs [23,24]; Anne-Claude Camproux m'ayant fourni une centaine de protéines recodées avec son alphabet.
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