Blocs Protéiques

Rooman et collaborateurs ont décrit 4 types de blocs avec 4 longueurs différentes, ici nous n'analyserons que les résultats obtenus pour les blocs de longueurs 5 C $_{\alpha }$ et 6 C $_{\alpha }$ . En quelques mots, la famille $\eta_5$ ( $\alpha$ ) est proche des blocs $\alpha$ PBs k à m . La plupart des blocs protéiques associés aux boucles et aux feuillets en sont éloignés. Seule la famille $\lambda_5$ (boucles) a une forte association avec le BP p. Les famille $\epsilon_5$ et $\zeta_5$ ne montrent qu'un fort éloignement par rapport aux BPs.

Tableau 3.6: Adéquation entre les blocs structuraux définis par Rooman et collaborateurs[162] et les 16 PBs. Le critère utilisé est celui du RMSda, avec comme symboles (+) RMSda < 60^o, (.) 60^o<RMSda < 75^o,et ( ) RMSda > 75^o. (a) Blocs structuraux de longueur 5 C $_{\alpha }$ , (b) blocs structuraux de longueur 6 C $_{\alpha }$ , sur les 5 premiers C $_{\alpha }$ des blocs, (c) blocs structuraux de longueur 6 C $_{\alpha }$ , sur les 5 derniers C $_{\alpha }$ .

SBB

Blocs Protéiques

(a)

$\eta_5$

$\epsilon_5$

$\zeta_5$

$\lambda_5$

(b)

$\eta_6$

$\epsilon_6$

$\zeta_6$

$\lambda_6$

(c)

$\eta_6$

$\epsilon_6$

$\zeta_6$

$\lambda_6$

Le bloc structural de longueur 6 C $_{\alpha }$ a été analysé en deux parties pour les 5 premiers et les 5 derniers C $_{\alpha }$ . Comme précédemment, peu de lien existe entre un bloc ou ensemble de BPs et l'un des 4 blocs structuraux. La famille $\eta_6$ correspond à une hélice $\alpha$ possédant une extrémité N-terminale, alors que la famille $\zeta_6$ est synonyme de la partie centrale de l'hélice. $\lambda_6$ correspond bien à des boucles, et est proche du BP n. La famille $\epsilon_6$ ( $\beta$ ) n'est pas aussi liée aux blocs $\beta$ que cela.

De cette simple comparaison, on peut conclure qu'il n'y a pas de correspondance directe entre ces deux types d'alphabet. Une première raison est la différence dans le nombre de blocs utilisés (4 contre 4 fois plus). Une autre cause est sûrement le faible nombre de protéines utilisées dans la première étude. Il semble que ce sont certains repliements qui ont été appris, ainsi la figure 2.13b montre clairement que pour $\zeta_6$ , censée être caractéristique des boucles et des feuillets $\beta$ , le bloc le plus proche est le bloc m soit une hélice $\alpha$ . Cette famille est donc caractéristique non pas de boucles et des feuillets $\beta$ simples, mais de boucles et des feuillets $\beta$ allant vers une hélice $\alpha$ . Ayant fait des apprentissages avec un nombre aussi limité de blocs, le résultat est surprenant. Pour avoir ce type de blocs caractéristiques, il faudrait au moins deux fois plus de blocs. La seule possibilité est que les protéines utilisées aient été particuliérement riches en certains repliements particuliers.

Comparaison avec les blocs structuraux de Rooman et collaborateurs