Blocs Protéiques

Le tableau 3.7 montre la correspondance entre les 6 blocs structuraux décrits par Fetrow et collaborateurs [53] et les 16 blocs protéiques. La comparaison est faite en observant la correspondance entre les protéines codées avec les 6 blocs structuraux (partie centrale, 5 C $_{\alpha }$ de 7 utilisés) et ces protéines codées en 16 blocs protéiques.

Tableau 3.7: Correspondance des 6 blocs définis par Fetrow et collaborateurs [53] avec les 16 BPs (seules les fréquences supérieures à 1,0 % sont notées, celles en gras sont supérieures à 10,0 %).

	Blocs Protéiques
blocs	a	b	c	d	e	f	g	h	i	j	k	l	m	n	o	p
$\eta$		5,7						11,4	1,6	2,2	11,9	9,2	23,1	15,4	11,7	2,7
$\alpha$												10,6	86,1
$\tau$	7,1	6,4	10,2	16,0		2,2	5,0		12,7			5,2	7,3	1,2	8,2	16,4
$\zeta$	2,0		1,5	1,3	9,4	34,9	1,9	5,1		2,1	27,2	2,7	9,0			1,1
$\iota$	7,1	10,6	15,8	40,4	6,5	3,7	2,0	1,9	1,5	1,1	1,0	1,0	1,2			4,9
$\beta$	7,2	7,1	18,3	53,2	2,4	6,1		1,6								1,9

Le bloc structural $\alpha$ est concentré sur les blocs protéiques l et m (96,7 %) et correspond donc à une hélice $\alpha$ et une extrémité N-terminale d'hélice $\alpha$ . Les autres blocs structuraux sont moins bien caractérisés. Le bloc structural $\eta$ est plus flou et représente surtout un bloc non- $\beta$ avec une certaine tendance hélice $\alpha$ . A l'inverse, le bloc $\beta$ est surtout un bloc non- $\alpha$ complet. Le bloc $\iota$ possède une forte similitude avec ce dernier. Toutefois, il est moins régulier car il a une plus forte propention de BPs "boucles" (PB g à j) et surtout il a l'entrée $\beta$ N-terminale PB b. Le bloc structural $\zeta$ est encore un bloc lié au feuillet $\beta$ , moins caractéristique. Seul le bloc structural $\tau$ représente bien les "boucles".

Tout comme pour le précédent exemple, aucune correspondance directe n'est envisageable, du fait de la différence du nombre de blocs et des tailles utilisées. Cependant, il semble que cet alphabet soit assez pauvre, mettant le poids principalement sur les structures répétitives et limitant ainsi le rôle des boucles. Une explication possible est l'utilisation de différents types d'informations.

Comparaison avec les super-structures secondaires de Fetrow et collaborateurs