Blocs Protéiques

Tableau 3.5: Correspondance entre les attributions des structures secondaires par le logiciel DSSP [100] et les 16 PBs, avec (+) Z-scores > 4,4, (-) Z-scores < -4,4 et () Z-scores intermédiaires. La base de données utilisée contient 906 chaînes protéiques possédant moins de 50 % d'identité de séquences.

	hélice	hélice	hélice	pont	coudes	boucles	feuillet	conformation
	$\alpha$	3₁₀	$\pi$	isolé			$\beta$	étendue $\beta$
a	-	-		+	-	+	-	+
b	-	-		-		+	-	+
c	-	-		+	-	+	+	+
d	-	-		+	-	+	+	-
e	-	-		+	-	+	+
f	-	-		+	-	+	+	-
g	-	+		+		+	-	+
h	-				+	-	-	+
i	-			-	+	-	-	+
j	-				+		-	+
k		+		-	+	-	-
l	+	+		-	+	-	-
m	+			-	-	-	-	-
n	+	+		-	+	-	-	-
o	-	+		-	+	-	-
p	-	+		-	+		-	+

Le tableau 3.5 récapitule les sur- et sous-représentations des différentes classes définies par DSSP en fonction des 16 BPs. Les Z-scores sont explicités au paragraphe 3.3.5.2. Les correspondances vues au paragraphe 3.3.3.1 sont retrouvées avec une concentration des hélices $\alpha$ dans les BPs l à n et une sous représentation dans les BPs o à j. Les hélices 3₁₀ montrent déjà une plus grande flexibilité d'attribution, elles sont retrouvées avec les BPs g, k, l, et n à p, et surtout jamais avec le BP "hélice centrale" m, ce qui montre encore la sensibilité de l'assignation. Pour les hélices $\pi$ , aucune n'ayant été observée, aucune corrélation n'est détectable. Ce fait montre aussi l'intérêt d'un alphabet structural qui ne possède pas de structures "rares". Les coudes se trouvent préférentiellement associés aux PBs associés aux hélices $\alpha$ , sauf le PB m, sa partie centrale, ce qui semble logique, la plupart des coudes ayant des liaisons hydrogènes proches de ces structures.

Enfin, les boucles et formes $\beta$ ne se retrouvent pas dans les PBs k à o, elles sont associées à des BPs différents. Par exemple, les PBs a et b ne se retrouvent pas dans le feuillet, mais bien dans les boucles et en conformation étendue.

Ce tableau montre bien l'intérêt et la richesse d'analyse possible avec un alphabet structural qui distingue bien les différentes formes classiques entre elles.

Comparaison avec les attributions de DSSP