Alexandre de Brevern - Thèse de Bioinformatique Moléculaire

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Exemple de recodage


  
Figure 3.9: Exemple de la protéine 1aak représentée avec le logiciel MOLSCRIPT [111]
\begin{figure} \centerline{\epsfxsize=8cm \rotatebox{270}{\epsfbox{Images/Chapitre_3_PBs/1aak_02.ps}}} \end{figure}


  
Figure 3.10: (a) Exemple de la protéine de liaison à l'ubiquitine (code PDB : 1aak) représentée en termes de blocs protéiques et (b) les RMSd entre chaque fragment de 5 C$\alpha$ de cette protéine et le bloc protéique auquel il est assigné.
\begin{figure} \centerline{\epsfxsize=15cm \rotatebox{270}{\epsfbox{Images/Chapitre_3_PBs/1aak_representation.ps}}} \par\end{figure}

La figure 3.9 montre la protéine de liaison à l'ubiquitine (code PDB : 1aak) représentée en 3D par le logiciel MOLSCRIPT [111]. La figure 3.10a la montre recodée en blocs protéiques avec les variations de RMSds en chaque position (cf. 3.10b). Cette protéine est une protéine ($\alpha$/$\beta$). Il est aisé de voir les successions de BPd et BPm. On peut aussi remarquer quatre séries de blocs cfkl associées à des boucles amenant à des hélices $\alpha$, ainsi que quatre séries dfk, deux ehia et deux bccd entre des feuillets $\beta$, ainsi que deux séries opacd localisées dans les boucles. Le codage global de la protéine est assez correct, seules 4 positions ont un RMSd supérieur à 1,0 Å. Les structures répétitives sont bien approximées, mais ne sont pas les seules (cf. paragraphe 3.3.2.1).

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