Alexandre de Brevern - Thèse de Bioinformatique Moléculaire
Les transitions majoritaires d'un bloc vers d'autres blocs sont en nombre restreint. Elles sont récapitulées dans les cinquième à septième colonnes du tableau 3.3. Les fréquences de transition fxy d'un bloc x vers un bloc y (différent de x) à la position suivante sont calculées par la formule suivante :
avec Nxy, le nombre de blocs x suivi par un bloc y, et Nxx suivi par lui-même.
Les trois transitions majoritaires des structures répétitives, en excluant les blocs correspondant aux parties centrales, représentent au minimum 76% de leurs transitions, sauf pour le bloc protéique j. Par exemple, pour le bloc protéique c, 92,2 % des transitions vont vers trois blocs: BP d (62.2 %), BP f (24.4 %) et BP e (5.6 %). De la même manière, moins de la moitié des transitions possibles apparaissent avec une fréquence de plus de 1,0 %. En règle générale, le nombre de transition par blocs dépassant 5 % est de 3, avec un maximum allant jusqu'à 5 pour le bloc protéique j.
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