Alexandre de Brevern - Thèse de Bioinformatique Moléculaire
Nous avons choisi d'utiliser comme descripteur de la structure des
protéines les angles dièdres et
. (cf. figure 3.1).
La définition des angles dièdres est donnée au paragraphe 2.1.2.
L'angle n'a pas été pris en compte, car
il reste particulièrement constant autour de 180o.
Sur la PDB de juillet 2000, moins de 0,5 % des résidus étaient en dehors
de l'intervalle classique [180o-10o;180o+10o].
En outre, l'angle
suit directement
les variations des angles
et
[125].
Selon la zone de Ramachandran [
,
], l'angle
est
statistiquement plus présent dans certaines zones.
Leur utilisation aurait tendance à surestimer ce paramètre,
99,5 % ne jouant alors aucun rôle, les 0,5 % restant deviendraient
trop important au regard de leur faible nombre.
La conformation des protéines a donc été décrite via leurs angles et
. Une protéine de longueur L est ainsi traduite en un vecteur de longueur
2 x (L-2) (le premier
et le dernier
ne pouvant pas être calculés).
L'intérêt d'utiliser des valeurs réelles des angles permet de ne pas avoir
d'a priori particulier envers certaines zones préférentielles du diagramme de Ramachandran
comme les zones répétitives et ainsi d'obtenir des blocs pertinents particulièrement
au niveau des boucles.
(c) 2001- Alexandre de Brevern