Alexandre de Brevern - Thèse de Bioinformatique Moléculaire

   
La prédiction locale

  

Figure 4.5: Evolution du taux de prédiction pour les 16 blocs protéiques en fonction du nombre de blocs sélectionnés par l'approche bayésienne.

En utilisant la stratégie bayésienne simple, avec une fenêtre de 5 résidus, correspondant donc au bloc structural, le taux de prédiction est de 30,0 %. Avec une fenêtre totale de 15 résidus, soit 5 de part et d'autre du bloc, le taux de prédiction passe à 34,4%. On peut noter qu'une recherche purement aléatoire donnerait un taux de prédiction de 7 %. L'ensemble des blocs protéiques gagnent en gain de prédiction, par exemple, BPb passe de 11,0 % à 13,5 %, BPe de 33,0 % à 43,2 %,BPi de 32,9 % à 42,2 %, et BPp de 26,9 % à 33,5 %.

Une certaine hétérogénéité est observée dans les taux de prédictions associés à chaque bloc protéique qui va de 13,3 % pour le bloc b à 60,3 % pour le BP a. La figure 4.5 récapitule les différents taux de prédiction par blocs, et, montre aussi le taux de prédiction obtenu quand un certain nombre de solutions sont conservées. En effet, en classant les blocs par score décroissant, le bloc réel se trouve assez réguliérement parmi les blocs les plus probables, ayant donc un score élevé. Ainsi, en conservant les 2 blocs les plus probables, le pourcentage d'avoir le bloc réel passe à 52,1 %, pour 4 solutions conservées, le taux est à 71,4 % et avec 8 solutions conservées sur les 16, soit la moitié, le taux passe à 90,4 %.

Cette distribution montre bien que l'utilisation d'une information séquentielle contient assez d'information pour conditionner la structure locale.