Alexandre de Brevern - Thèse de Bioinformatique Moléculaire

Exemple

Pour mieux appréhender cette notion de réseau non continu, la figure 5.3 représente la partie centrale de l'endoribonuclease du virus sarcome aviaire (code PDB: 1vsd) avec sa structure protéique recodée en blocs protéiques et en-dessous les différentes parties du réseau alors utilisées. Trois zones appelées 'fragment' se trouvent incluses dans le réseau. La figure 5.3 montre cet exemple avec en haut la séquence en BPs, et, en-dessous les trois fragments avec les zones du graphe correspondantes. Le fragment I est composé de 7 blocs protéiques, c'est un court feuillet bcddfbf (partie supérieure droite du réseau). Le fragment suivant II se superpose au dernier bloc protéique puis repart vers une forme entrant par la successions de blocs fkl et en ressortant par la série de blocs nopacde (partie inférieure gauche du réseau, puis partie centrale). Ensuite une zone composée par une série de blocs bjghehpap est non observée parmi les motifs les plus fréquents et donc n'a pas de contre-partie dans le réseau. Enfin le fragment III est une longue hélice qui est composé de 19 blocs protéiques m consécutifs (partie inférieure gauche du réseau).