Alexandre de Brevern - Thèse de Bioinformatique Moléculaire

Test de l'homogénéite structurale au sens du RMSda

Les blocs n'ont pas été définis sur la base du RMSd mais du RMSda (root mean square on angular values) qui par définition est beaucoup plus sensible. Les RMSda moyens ont été calculés pour les même couples de fragments que pour le RMSd. Leurs valeurs moyennes étaient toutes proches de 30^o (avec une distribution gaussienne classique). Il ont donc une approximation exactement similaires à ceux des BPs seuls, ce qui est intéressant car la même précision est conservée pour un nombre d'angles passe de 8 à 14 et jusqu'à 20 angles, la spécificité semble donc assez grande.

Toutefois, il est vrai que le RMSda est une mesure plus difficile à apprécier. Une simple superposition des angles permet un aspect plus "visuel", la recherche d'angles précis ayant une variablité plus grande est arbitraire, mais pour la majorité des mots un seul type de signal est visible. Les séries dehiacd (nuds 07 -15-16-17-18-19-07) et mlmm (nuds 01-28-01-01) sont les seules séries ayant un angle qui montre une plus grande variabilité. Cependant en utilisant cet unique critère pour rechercher de possibles sous-familles, les résultats ne sont pas améliorés. En conclusion, sur un plan structural, le réseau permet d'approximer la structure 3D locale de manière assez correcte et ceci même pour des longueurs assez importantes.