Blocs Protéiques

La superposition des C $_{\alpha }$ des fragments montre une constance remarquable avec un RMSd moyen pour la plupart des "mots" aux alentours de 2 Å. La figure 5.4 illustre le cas de la succession de blocs mnopacd qui possède un RMSd de 1,94 Å pour une longueur de 11 C $_{\alpha }$ (partie gauche et centrale du réseau, n $\oe$ uds 01-02-03-04-05-06-07). Ce ne sont pas obligatoirement des motifs liés à des hélices $\alpha$ qui sont le plus conservés, ainsi dfkopa (n $\oe$ uds 07-13-31-03-04-05) et dfbf (n $\oe$ uds 07-13-14-24) ont des RMSd de, 1,37 et 1,74 Å, respectivement.

**Figure 5.4:** Superposition de fragments représentant la succession de blocs mnopacd.
$\begin{figure} \centerline{\epsfxsize=17cm \rotatebox{270}{\epsfbox{Images/Chapitre_3_PBs/Graph/mnopacd_groupe_1_01.ps}}} \end{figure}$

Tableau 5.1: Pour chaque motif est donné la succession des blocs protéiques compris dans le motif testé, le nombre de Blocs Protéiques les composant et le RMSd moyen (en Å) associé.


num	motif	BPs	C $_{\alpha }$	RMSdm Å	n $\oe$ uds
1	mnopacd	7	11	1,94	01 - 02 - 03 - 04 - 05 - 06 - 07
2	mnopa	5	9	1,76	01 - 02 - 03 - 04 - 05
3	ehiac	5	9	2,68	15 - 16 - 17 - 18 - 19
4	dehiacd	7	11	3,07	07 - 15 - 16 - 17 - 18 - 19 - 07
5	dfbf	4	8	1,74	07 - 13 - 14 - 24
6	dfkopa	6	10	1,37	07 - 13 - 31 - 03 - 04 - 05
7	fklm	4	8	1,69	08 - 09 - 10 - 01
8	afkl	4	8	1,81	05 - 08 - 09 - 10
9	dfbd	4	8	2,02	07 - 13 - 14 - 07
10	mklmm	5	9	1,49	01 - 29 - 30 - 01 - 01
11	mlmm	4	8	1,42	01 - 28 - 01 - 01
12	mpcc	4	8	1,74	01 - 20 - 21 - 22
13	fklpc	5	9	1,93	08 - 09 - 10 - 11 -12
14	eehiac	6	10	1,34	26 - 15 - 16 - 17 - 18 - 19
15	dehj	4	8	1,98	07 - 15 - 16 - 25
16	dfkbc	5	9	1,94	07 - 13 - 31 - 27 - 06
17	dfklm	5	9	2,09	07 - 08 - 09 - 10 - 01

Afin d'évaluer l'homogénéité du groupe de structures associé à un mot, les RMSds entre les couples de fragments ayant été calculés, une matrice de distance a été constituée et a servi lors d'un regroupement par une méthode hiérarchique (paquage hclust du logiciel S-Plus). Dans chaque arbre obtenu par cette méthode 2 et/ou 3 groupes ont été formés, pour voir, s'ils n'existaient pas dans certaines séries des sous-familles structurales discernables. Ces groupes de fragments ont été donc de nouveaux superposés. Ils s'avérent qu'ils ne sont pas mieux définis que les motifs globaux et qui ne donnent pas des RMSd moyens meilleurs. Seul le motif "long" dehiacd (n $\oe$ uds 07-15-16-17-18-19-07) possède une flexibilité qui semble importante; ses extrémités N- et C- terminales parraissent plus mobiles (distance de 13 Å+/-5 Å), toutefois le repliement interne étant caractéristique, aucun découpage utilisant le RMSd n'est possible.

Ainsi, les motifs pris dans le réseau ont une stabilité structurale correcte sans être aussi bonne que dans le cas des BPs seuls (0,46 Å à 1,04 Å pour une longueur de 5 C $_{\alpha }$ ). Le repliement observé apparaît globalement semblable pour des fragments associés à un motif donné.

Test de l'homogénéite structurale au sens du RMSd