Alexandre de Brevern - Thèse de Bioinformatique Moléculaire

   
Objectif

Prédire la structure tridimensionnelle des protéines à partir de la séquence n'est pas une tâche aisée. Pour des protéines ayant des taux d'identité de séquences supérieurs à 30%, diverses techniques existent, elles se basent principalement sur des modélisations avec contraintes spatiales, physico-chimiques et des méthodes statistiques [15,169,93]. L'absence de protéines proches implique l'utilisation de méthodes différentes comme la prédiction ab initio (cf. paragraphe 2.2.2.3), qui toutefois est limitée à des protéines de petite taille [39,137]. D'autres approches existent comme l'enfilage (ou "threading", cf. paragraphe 2.2.2.2) qui consiste en une recherche de compatibilité entre une séquence et un grand nombre de fragments issus de structures de protéines connues [126,153,7,110]. Toutes ces techniques nécessitent l'utilisation d'une base de données protéiques non redondante (cf. paragraphe 2.2.1.4). Actuellement sont disponibles des bases de données reposant sur un critère de similitude de séquence [84,83], et de similitude structurale [126,87]. Pour cette première approche, MPH va donc servir à la compression d'une base de données structurales en une protéine hybride, ce qui pemettra dl'obtention d'un nombre limité de conformations locales, de repliements. Réduire le nombre de conformations locales peut être intéressant pour des recherches comme l'enfilage ou la recherche d'homologie structurale.