Alexandre de Brevern - Thèse de Bioinformatique Moléculaire

   
Principe

Ce chapitre va donc mettre en avant l'utilisation de MPH dans la compression d'une base de données structurales en une protéine hybride. Dans l'étape d'apprentissage, pour pouvoir compacter la structure, nous avons utilisé la traduction des protéines de cette base structurale en suite de blocs protéiques. Chaque bloc représente toujours 5 C consécutifs, l'utilisation de séries de blocs va permettre la concaténation de différents repliements.

La compaction des structures générera des structures locales avec des parties communes et d'autres moins déterminées. Cette utilisation de séries de blocs dans la protéine hybride est à mettre en relation avec le fait que le choix de la longueur et le nombre des blocs a toujours été une question ardue donnant lieu à de nombreuses réponses : 6 blocs longs de 7 résidus pour Fetrow et collaborateurs [53], 4 à 7 blocs pour une longueur de 4 résidus pour Rooman et collaborateurs [162], 12 blocs ayant 4 résidus pour Camproux et collaborateurs [23,24], 13 blocs pour des longueurs variables pour Bystroff et Baker [19], et une centaine d'hexamères pour Unger et collaborateurs [198] et Schuchhardt et al. et collaborateurs. Les structures locales comprises dans la protéine hybride nous permetterons de passer au-dessus de cet écueil en proposant des fragments longs, mais composés de blocs plus courts.