Alexandre de Brevern - Thèse de Bioinformatique Moléculaire

Conclusion de l'apprentissage

MPH est donc une nouvelle approche qui permet le compactage d'une base de données de structures de protéines. L'étape d'apprentissage permet de conserver une excellente séquentialité entre les fragments (81% sont contigus). L'entropie montre que la caractérisation des sites est correcte avec un maximum de trois types de blocs protéiques différents par sites. Le déterminisme étant important, des structures similaires sont classées dans les mêmes régions de la protéine hybride.

Le calcul des RMSd moyens a montré la forte stabilité des structures locales et ceci malgré la grande hétérogénéité de ces structures. Les RMSds les plus importants sont dus principalement à des sites contenant à la fois des feuillets courts et d'autres longs. Un point important est, que malgré un niveau élevé de RMSd, les repliements associés à ces sites possèdent des formes similaires. En outre, les structures répétitives ne sont pas les seules qui soient bien approximées.

L'exemple donné à la figure 6.5 montre bien trois catégories caractéristiques de sites avec leurs compositions plus ou moins marquées en acides aminés. Cette caractérisation en acides aminés montrée dans la figure 6.7 et la classification réalisée à partir de ces données montrent que plus de 75 % des sites sont informatifs. Ceci corrobore le fait qu'une partie des séquences protéiques ne sont pas informatives [177]. De plus, ces distributions en acides aminés sont souvent associées avec des distributions caractéristiques en blocs protéiques, ce qui peut être pris en compte dans le cas d'une prédiction de la structure par la séquence.

En conclusion de cette première partie, nous avons vu que la méthode de compaction par MPH permet d'obtenir une protéine hybride qui représente bien la majorité des structures locales. De plus, la composition en acides aminés est fortement spécifique. L'ensemble de ces données en prenant en compte le fait que la continuité est assurée fait de cette protéine un outil intéressant pour l'avenir. Dans les paragraphes suivants, la protéine hybride va servir à mettre en place une méthode rapide de recherche d'homologie structurale entre deux protéines.