Alexandre de Brevern - Thèse de Bioinformatique Moléculaire

   
Résultats

La figure 6.14 donne le résultat de l'apprentissage effectué avec un coefficient d'apprentissage = 0,03 pour C = 20 cycles pour une protéine hybride de longueur L = 25. La séquentialité des fragments est visible, toutefois le vecteur caractéristique du fragment en position p ne présente pas exactement le même vecteur décalé du fragment en position (p - 1). D’'après les variations en niveau de gris, les variables hydrophobicité et angle dièdre semblent jouer un rôle important, et à un moindre niveau, le volume et l’'angle dièdre . La charge joue un rôle mineur, cela peut s'’expliquer par le nombre faible de chargés par rapport au nombre total de résidus ou par un problème d’'étalonnage des variables. Les 25 positions présentent globalement des caractéristiques différentes. Cependant une classification des 25 positions par une classification hiérarchique (paquage hclust du logiciel S-Plus) montre la constitution de deux groupes homogènes distincts ayant comme frontières les deuxième et treizième positions. Après apprentissage, le nombre de fois où une position de l’'hybride est sélectionnée a été calculée. La répartition des observations est relativement homogéne le long de l'’hybride, les nombres variant entre 2950 et 4500 observations.