Alexandre de Brevern - Thèse de Bioinformatique Moléculaire

   
Annexe 3 : Les I-sites

  

Figure 7.7: I-sites 1 à 3. 1- hélice amphipatique. 2- hélice non polaire. 3- extrémité C-terminale d'hélice Glycine Type 1. (la légende détaillée est sous la figure 7.11).

  

Figure 7.8: I-sites 4 à 6. 4- extrémité C-terminale d'hélice Glycine Type 2. 5- extrémité C-terminale d'hélice Proline. 6- hélice mélée. (la légende détaillée est sous la figure 7.11).

  

Figure 7.9: I-sites 7 à 9. 7- extrémité N-terminale d'hélice Sérine. 8- feuillet amphipatique. 9- feuillet hydrophobe. (la légende détaillée est sous la figure 7.11).

  

Figure 7.10: I-sites 10 à 12. 10- coude Aspartate. 11- épingle Sérine. 12- épingle type I étendu. (la légende détaillée est sous la figure 7.11).

  

Figure 7.11: I-site 13 coude type II divergeant. underlinelégende: à gauche les angles du squelette polypeptidique (en rouge l'angle , en bleu l'angle ) et en dessous la matrice de contingence du I-site coloré selon l'occurrence de la fréquence de l'acide aminé (en rouge, 3 fois plus que la moyenne de l'acide aminé dans la base de donnée, orange, entre 2 et 3 fois plus, jaune, entre 1 et 2 fois plus, vert, équivalent à la base de donnée, cyan, entre 1 et 2 fois moins, bleu entre 2 et 3 fois moins, bleu marine, plus de 3 fois moins que dans la base de donnée), l'ordre des acides aminés est le suivant en partant du haut: G, P, D, E, K, R, H, S, T, N, Q, A, M, Y, W, V, I, L, R, C; au centre, la superposition des 30 meilleurs représentant du I-site et à droite, une représentation "cartoon" des chaînes latérales (en vert, les polaires, en pourpre, les non-polaires, les glycines sont en rouge).Ces images viennent du site des I-sites http://isites.bio.rpi.edu/Isites/index.html