Alexandre de Brevern - Thèse de Bioinformatique Moléculaire
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La prédiction des contacts à partir de la séquence primaire est un des défis les plus difficiles
actuellement. Les meilleurs algorithmes ne dépassent pas 15 % de bonnes prédictions [128,48].
Certains algorithmes s'intéressent au point précis de contacts,
d'autres à des zones plus étendues [135,124].
Un des problèmes majeurs est lié à la recherche
à "longue distance" (plus de 40 résidus), en dehors des ponts disulfures; les prédictions
sont à peine plus fiables qu'une recherche aléatoire [67].
Aussi, d'autres types d'informations plus simples sont exploitées comme
prédire le nombre total de contacts dans une protéine [49],
ou encore les Cystéines impliquées dans une liaison disulfure.
Dans ce dernier cas, les taux de prédiction dépassent les 70 % [50,57].
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