Alexandre de Brevern - Thèse de Bioinformatique Moléculaire

Prochain: Le nombre de repliements Au-dessus: La structure secondaire Précédent: Les autres formes régulières

Les boucles et les connections entre structures secondaires

En dehors des structures répétitives, d'autres structures ont été découvertes, comme les coudes dont le nombre de catégories est d'une huitaine [202]. Les plus classiques sont présentées sur la figure 2.8. Les angles et liaisons les caractérisant sont reportés dans le tableau 2.6. Ils sont retrouvés plus ou moins couramment selon le type de coudes, certains très rares, d'autres spécifiques de fin de protéines [51] ou de conformation spécifique [5]. Ces régions ont toujours toutefois une taille limitée. Le logiciel STRIDE permet de déterminer l'attribution d'un certain type de coudes.


 
Tableau 2.6: valeurs nécessaires à l'assignation des coudes de types I à III et gamma.
type de structures $\Phi$ $\Psi$ sur les résidus liaison CO-NH  
coudes de type I -60 -30 i+1 i et i+3  
  -90 0 i+2    
coudes de type II -60 +120 i+1 i et i+3  
  -80 0 i+2    
coudes de type III -60 -30 i+1 i et i+3  
  -80 -30 i+2    
coudes gamma +70 -60 i+1 i et i+2  

         
 


  
Figure 2.8: Représentations (a) d'un coude de type I (protéine 125L chaîne A résidu 121à 124), (b) d'un coude de type II (1ALL chaîne A résidu 112 à 115), (c) d'un coude de type III (109M chaîne A résidu 13 à 16) et (d) d'un coude de type gamma (1SCY chaîne A résidu 1 à 4).
turn type 1 turn type 2 turn type 3 turn gamma

Des classifications des boucles donnent lieu à de nombreuses et différentes taxonomies dont des termes identiques recoupent parfois des réalités distinctes [46,51].

Des classifications des boucles entre structures secondaires $\alpha$ et/ou $\beta$ont permis d'observer des spécificités en acides aminés pour certaines boucles [203,114,13] et l'établissement de procédures de prédiction [204]. Toutefois, l'ensemble de ces méthodes est basé sur la définition de points de début et de fin des structures secondaires qui sont parfois sujettes à caution et ont des difficultés à considérer l'ensemble des boucles, se limitant à des tailles inférieures à 9 résidus [44,63].

Prochain: Le nombre de repliements Au-dessus: La structure secondaire Précédent: Les autres formes régulières

Page 9

(c) 2001- Alexandre de Brevern