Alexandre de Brevern - Thèse de Bioinformatique Moléculaire

Analyse de l'entropie

L'entropie calculée le long de la protéine hybride est représentée dans la figure 6.3c et montre la haute spécificité de chaque site avec une valeur maximale de 2,40 et minimale de 0,41, 40% des positions ont une entropie inférieure à 1,0. Trois catégories de sites peuvent être distinguées par leur entropie.

Un premier groupe dont l'entropie est inférieure à 1,0. Il contient les sites les moins variables comme les hélices . Ainsi, pour les positions [4:13] une hélice centrale est suivie par une sortie C-terminale, les structures locales commencent principalement avec 6 BPm suivis par BPn, BPo, BPp et BPa aux sites [10:13], ceci est alors noté m₆nopa. Les structures locales en positions [79:91] sont des hélices ayant une extrémité N-terminale fklm₁₀. Comme l'apprentissage s'effectue avec des structures locales de 10 blocs protéiques, ce motif contient en réalité les structures locales de type fklm₇, klm₈, lm₉ et m₁₀. La protéine hybride permet aussi la création de feuillet avec extension N-terminale en [20:25] avec un motif d₄eh et des transitions courtes, telles des extrémités C-terminales de feuillet dfk [58:60] et fk [35:36].

Le second groupe correspond à des zones intermédiaires avec une entropie comprise entre 1,0 et 1,5. Les plus longs correspondent à des feuillets étendus ayant une extrémité N-terminale en positions [48:57], des structures locales de type iac_xd_7-x,(x=1,2,3). Ensuite, les deux zones les plus représentatives correspondent à une extrémite N-terminale d'une hélice en [1:3], fkl, et un feuillet aux sites [77:78], d₂.

Le dernier groupe comprend les zones ayant une entropie élevée (supérieure à 1,5). Quatre zones sont plus variables et correspondent à des zones de boucles longues ou des feuillets allongés en positions [26:34] et [38:45], des coudes entre deux feuillets [62:68] ou des boucles entre hélices avec des feuillet [94:100].