Alexandre de Brevern - Thèse de Bioinformatique Moléculaire

   
Récapitulatif des alphabets structuraux et conclusion

Equipe	Année	Nombre de protéines	Nombre d'acides aminés	Méthodes d'apprentissage	distance	Nombre de Blocs	Longueur des blocs
Unger et al.	1989	4 / 82	426 / 12973	k-means	RMSd C alpha	103	6
Rooman et al.	1990	75	12 978	regroupement hiérarchique	RMSd C alpha	4	4,5, 6 et 7
Prestrelski et al.	1992	14	2 437	fonction	distance linéaire et angle alpha	113	8
Zhang et al.	1993	74	13 114	autoANN	distance C alpha	6	7
					angles dièdres et de valence
Schuchhardt et al.	1996	136	24 239	carte de Kohonen	angles dièdres phi et psi	100	9
Fetrow et al.	1997	116	23 355	autoANN	distance C alpha	6	7
				angles dièdres et de valence
Bystroff et Baker	1998	471	NP	k-means	profil de séquence et RMSd / dma	13	structure : 3-15, séquence : 8
Camproux et al.	1999	100	19 317	CMC	distance C alpha	12	4

Un petit résumé des différentes méthodes et techniques utilisées montrent bien l'avancée réalisée en une dizaine d'années. Elle est présentée dans le tableau 2.9. Commençant avec un nombre très limité de protéines, les approches sont devenues plus complexes et plus sûres, utilisant un nombre conséquent de résidus. Toutefois, elles montrent aussi l'hétérogénéité des techniques et par la suite nous verrons les difficultés que cela engendre quand on désire comparer entre eux ces différents alphabets.