Alexandre de Brevern - Thèse de Bioinformatique Moléculaire

   
Compactage des structures tridimensionnelles des protéines

• Objectif
• Principe général de la méthode de la protéine hybride
• Application au compactage des structures
  • Objectif
  • Principe
  • Application du Modèle de la Protéine Hybride aux séries de blocs protéiques
  • Résultats
    • La protéine hybide
    • Calcul de l'entropie des distributions des blocs protéiques
    • Analyse de l'entropie
  • La stabilité structurale de la protéine hybride
    • Exemples de sites caractéristiques
      • Méthode d'analyse
      • Exemples
  • Relation avec la séquence
  • Analyse de la répartition des acides aminés par l'utilisation des Z-scores
    • KLd pour quantifier la spécificité des acide aminés
    • Similitude des sites de la protéine hybride en termes d'acides aminés
  • Etude de l'influence des paramètres de l'apprentissage
  • Conclusion de l'apprentissage
• Application à la recherche d'homologie
  • Principe de la recherche
  • Homologie structurale pour deux cytochromes P450
  • Analyse des résultats
  • Conclusion
• Application à l'étude des relations séquence-structure
  • Objectif
  • Principe
  • données structures et données séquences
  • Apprentissage de la protéine hybride
  • Résultats
  • Correspondance entre la protéine hybride et les blocs structuraux
  • Conclusion
• Comparaison entre les cartes de Kohonen et MPH
• Conclusion